Veinte años tras la derrota de XCOM por parte de una invasión alienígena, la tierra está controlada desde las sombras por la compañía internacional ADVENT. La opinión pública sobre los alienígenas ha mejorado, gracias a las conspiraciones de ADVENT, hasta el punto de valorarlos como salvadores de la humanidad, por curar enfermedades y alargar la vida de los humanos, mientras eliminan todo rastro de XCOM, de los pocos supervivientes y de todo registro de que existieran.
Teniendo este punto de salida, se nos dan órdenes a un pequeño equipo de rescate de recuperar al Comandante, el jefe de las operaciones de XCOM, que fue capturado y puesto en éxtasis. Por qué los Elders lo mantienen con vida es aún incierto, pero el Comandante es la única esperanza real de mantener a los grupos rebeldes unidos, enfrentarse una vez más a nuestro destino y frustrar los esfuerzos de ADVENT de crear el Proyecto Avatar.
Nos enfrentaremos a las tropas de ADVENT, que están compuestas de robots, engendros creados con técnicas genéticas avanzadas de los alienígenas, y experimentos híbridos entre alienígenas y humanos, entre otros; pero para ello tendremos acceso a reclutas, que mejorarán con cada combate y se irán especializando como agentes de asalto, francotirador, comando, etc., e investigarán la tecnología alienígena para hacerla nuestra y adaptarla para pelear contra ellos una manera eficaz.
Dicho esto, nos involucramos en un juego de estrategia militar por turnos, con un toque de gestión de recursos, muy exigente, heredero de la serie de juegos UFO. Recoge la fórmula que implementaron en el primer juego y se eleva a la décima potencia. Recomendaría jugar directamente a la versión War of the Chosen, pues no cambia mucho el juego base, desbloqueando nuevas clases y añadiendo una pequeña capa de dificultad. Se puede jugar al juego base y disfrutarlo igualmente.